經(jīng)過晉唐數(shù)百年的經(jīng)驗積累和方藥薈萃，中醫(yī)學(xué)理論客觀上需要給以總結(jié)，以便把握規(guī)律。面對晉唐積累的大量經(jīng)驗，宋元醫(yī)家結(jié)合臨床實踐，進行了一系列理論探索。
首先，宋元時期的大量醫(yī)藥著作與晉唐時期相比具有不同的風(fēng)格。此時期醫(yī)家著書一反單純記載經(jīng)驗和方藥的做法，大大加強了理論討論的內(nèi)容。如宋代官修的《太平圣惠方》和《圣濟總錄》，無論總論還是各門概論，都進行了大量的理論陳述和分析。宋元個人醫(yī)藥著作也都在不同方面探索和總結(jié)了中醫(yī)理論的內(nèi)容。著書往往不但專科化，而且逐步走向?qū)２』蛯ｎ}化。論述內(nèi)容不再限于經(jīng)驗結(jié)果，而是追溯原因和學(xué)理。
其次，在進行理論探討的過程中，由于認識角度、認識方法、經(jīng)驗差別及所依據(jù)指導(dǎo)思想的不同，會產(chǎn)生不同的結(jié)論和觀點。由此，宋元時期便出現(xiàn)了學(xué)派爭鳴和各家學(xué)說。學(xué)派和各家學(xué)說的出現(xiàn)，正是理論總結(jié)和探索的產(chǎn)物，標(biāo)志著這一時期醫(yī)藥學(xué)發(fā)展的成就。
